Fläcknycklar är en flerårig orkidé som växer på fuktiga till friska marker som kärr, fuktängar, myrkanter och ljusa skogar, ofta där marken är svagt sur till måttligt näringsrik. Den blir vanligtvis 20–60 cm hög och har en upprätt stjälk med flera smala till breda blad som ofta är mörkt fläckiga, vilket gett arten sitt svenska namn.

Den blommar under försommaren till högsommaren med många små orkidéblommor samlade i en tät, cylindrisk till äggrund blomställning. Blommorna är oftast ljusrosa till purpurfärgade med mörkare teckning, och läppen har tydliga prickar och linjer. Efter blomningen bildas frökapslar med mycket små frön som sprids med vinden. Fläcknycklar kan lokalt förekomma i stora bestånd men är, liksom andra orkidéer, beroende av särskilda svampar i marken för att kunna gro och etablera sig.